查黑中心時期
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景文案、前立委羅福助案、立委顏清標案、陳水扁國務機要費案、前台北市長馬英九特別費案
特偵組時期
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偵查中或已經起訴案件
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林益世中鋼中聯關說施壓收賄索賄案、國安密帳案、拉法葉艦採購弊案、近兩百名首長特別費案、中藥商公會全國聯合會行賄立法委員、牙醫師公會全國聯合會行賄立法委員、國務機要費案、扁家洗錢案、龍潭購地弊案、南港展覽館案、陳敏薰買官案、辜仲諒政治獻金案、機密外交案、外交零用金案、二次金改案、辜仲諒違反證券交易法案、臺灣高等法院數名法官收賄案、羅福助等違反證券交易法、陳水扁侵占國家機密公文案、檢察官陳玉珍違反貪污治罪條例、高雄市民代官商搶食中鋼脫硫渣龐大利益案、政府基金弊案、法官胡景彬違反貪污治罪條例、幸福人壽保險公司前董事長違反證券交易法、偉盟工業公司違反證券交易法、中信金控集團、國寶集團等涉嫌違反銀行法、證券交易法案件等25案。
簽結或不起訴案件
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綠營四大天王特別費案、立法院長王金平特別費案、台郵挹注陽信百億元案、盜賣國產三中案、國發院土地不法交易案、富邦魚翅案、前總統府侍衛長余連發背信案、機場捷運工程弊案、華航涉不法佣金案、華揚史威靈弊案、宇昌案、蔡正元中影案。
江國慶案
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江國慶冤死案，特偵組以罪證不足、身份不合及過了法律追訴時效為由，不起訴被告陳肇敏等涉案官員。[8][9]
林益世案
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2012年10月25日，最高法院檢察署特偵組將全案偵查終結，被告林益世、彭愛佳、沈若蘭、沈煥璋、沈煥瑤等5人提起公訴，並將在押被告林益世移審臺北地院；另陳啟祥等涉嫌行賄罪嫌，發交高雄地檢署依法偵辦。其中，林益世係犯貪污治罪條例第4條第1項第5款「違背職務行為收受賄賂」、第15條「隱匿貪污犯罪所得財物」、第5條第1項第3款「對於職務上行為要求賄賂」、第6條之1「財產來源不明罪嫌」，所犯四罪間，犯意各別、行為互殊，應予分論併罰。
2013年4月30日，臺北地方法院一審判處林益世有期徒刑7年4個月。
陳水扁家庭密帳案
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陳水扁家庭密帳案，又稱為陳水扁家庭洗錢案、扁家海外洗錢案等，為中華民國前總統陳水扁與其家族，在其擔任總統任內在海外的財產，所衍生出之涉及龍潭土地弊案及二次金改弊案，非法所得的洗錢弊案。
2009年9月11日，一審宣判，陳水扁被判無期徒刑，併科罰金2億新台幣，褫奪公權終身[10]。吳淑珍被判無期徒刑，併科罰金3億新台幣，褫奪公權終身。其餘被告則被判3個月至20年不等的有期徒刑。
一審判決如下：[11]
涉案人物
一審判決
涉及案件
起訴罪名
檢方求刑
陳水扁
·被判無期徒刑·罰金2億新台幣·褫奪公權終身
·「國務機要費」案·龍潭購地案·洗錢案
·侵占公有財物·利用職務詐財·偽造文書·收賄·洗錢
·最嚴厲制裁[12]
吳淑珍
·被判無期徒刑·罰金3億新台幣·褫奪公權終身
·「國務機要費」案·龍潭購地案·南港展館案·洗錢案
·洗錢案·侵占公有財物·利用職務詐財·偽造文書·收賂洩密·洗錢
·從重量刑
陳致中
·被判有期徒刑2年6個月·罰金1.5億新台幣
·洗錢案
·洗錢
·從重量刑
黃睿靚
·被判有期徒刑1年8個月·罰金1.5億新台幣/支付公庫2億新台幣+緩刑5年
·洗錢案
·洗錢
·從重量刑
府前秘書長馬永成
·被判有期徒刑20年·褫奪公權10年
·「國務機要費」案
·侵占公有財物·利用職務詐財·偽造文書
·減刑或免刑
扁辦公室前主任林德訓
·被判有期徒刑16年·褫奪公權8年
·「國務機要費」案
·侵占公有財物·利用職務詐財·偽造文書
·減刑或免刑
扁辦公室前出納陳鎮慧
·免刑[13]
·「國務機要費」案
·侵占公有財物·利用職務詐財·偽造文書
·免刑
吳淑珍兄吳景茂
·被判有期徒刑2年·緩刑5年·支付公庫300萬新台幣
·洗錢案
·洗錢
·減刑或免刑
吳淑珍嫂陳俊英
·被判有期徒刑2年·緩刑5年·支付公庫300萬新台幣
·洗錢案
·洗錢
·減刑或免刑
吳淑珍同學蔡美利
·公訴不受理[12]
·洗錢案
·洗錢
·減刑或免刑
蔡美利弟弟蔡銘傑
·被判有期徒刑2年·褫奪公權1年·緩刑5年·支付公庫1000萬新台幣
·龍潭購地案·洗錢案
·收賄·洗錢
·減刑或免刑
蔡美利弟弟蔡銘哲
·被判有期徒刑2年·褫奪公權1年·緩刑5年·支付公庫300萬新台幣
·龍潭購地案·南港展覽館案·洗錢案
·收賄·洗錢
·減刑或免刑
力麒負責人郭銓慶
·被判有期徒刑6個月，減刑為3個月·褫奪公權1年
·南港展覽館案·洗錢案
·洗錢
·減刑或免刑
竹科管理局前局長李界木
·被判有期徒刑6年·褫奪公權3年
·龍潭購地案
·收賂
·減刑或免刑
拉法葉艦軍購弊案
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1989至1991年間，中華民國與法國政府高層在正式簽署拉法葉軍購案的過程中收受佣金。軍購案簽署後，海軍總司令部武器系統獲得管理室主任上校尹清楓（佔少將缺）因懷疑此軍購案存在弊端，遂保存證據以待揭弊，卻導致殺身之禍。同時，法國當地的軍火中介人在交易中未獲取相應報酬，讓此案從台灣延燒至法國，成為舉世皆知的軍事醜聞。案件爆發後，中華民國海軍收押相關受賄軍官，而軍火代理商則逃亡海外。
法國方面有六個與此案相關者離奇死亡，而前中華民國總統李登輝、前國防部參謀總長上將郝柏村也因此案於2006年接受偵訊。對於此案，時任總統陳水扁曾宣示「不惜動搖國本辦到底」，最後不了了之。
由於該軍購案契約中具備排傭條款，使得後來國際仲裁以違反契約名義進行審理。2010年5月4日，裁定中華民國勝訴，法國須賠償新台幣270億元；2011年7月12日，中華民國國防部在仲裁官司中勝訴，法國政府需歸還8.75億美元。
龍潭購地弊案
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龍潭購地案，又稱竹科龍潭基地開發案，台灣法律案件，由陳水扁家庭密帳案衍生出的案件之一。陳水扁執政時期，行政院國家科學委員會新竹科學園區管理局收購台泥公司在龍潭的土地，納入科學園區中。在收購案成立之前，台泥公司辜成允於2004年曾交付4億元，給當時總統陳水扁的夫人吳淑珍；收購案完成後，科學園區管理局局長李界木也收受了台泥公司3千餘萬的款項。
根據監察院調查報告內容：陳水扁總統陳述：（元月1-9日間）『電請游院長…林信義…魏哲和…李界木來總統府一同聽報告。』…本案火速進行到93年1月28日行政院已核定，扣去春節及假日前後不過數日。[14]。總統親自數度直接召集並參與討論一個科學園區開發小案，實屬罕見，未以任何手段來影響竹科管理局，則純為推託之詞。
特偵組認為，陳水扁夫婦收受賄款，影響新竹科學園區管理局收購土地，起訴陳水扁及其夫人吳淑珍。陳水扁夫婦主張該筆款項是政治獻金，強調他們並未以任何手段來影響竹科管理局；相關官員也表示並未受到關說、也不知道他們收到政治獻金，他們收購該土地是專業考量。
最高法院在2010年以實質影響力說，將前總統陳水扁及夫人吳淑珍各判11年徒刑，併科1.5億元罰金。
後續發展
因陳水扁已在服刑，高檢署向台灣高等法院聲請合併執行期。2012年11月1日，高院裁定，陳水扁兩罪各17年半、2年，合併執行18年半，且併科罰金1億5,600萬元，罰金可易服勞役，但以6個月為限。同日，陳水扁委任律師鄭文龍，提出三項新事證，向法院聲請重新審理。
陳敏薰交付賄賂案
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陳水扁共同公務員對於職務上行為收受賄賂，處有期徒刑捌年，併科罰金新臺幣伍佰萬元，罰金如易服勞役，以罰金總額與陸個月之日數比例折算，褫奪公權肆年；共同所得財物新臺幣壹仟萬元應予追繳沒收，如全部或一部無法追繳時，應與吳淑珍連帶以其財產抵償之。